Arkivi u themelua më 1970, si iniciativë e shtetit për shtetëzimin e punës së fotografëve, të cilët deri në atë kohë ushtronin aktivitet privat. Përgjegjësi i tij ishte Gegë Marubi, i cili veç të tjerash realizoi sistemimin dhe regjistrimin e të gjitha materialeve fotografike prej më se 500.000 negativësh, ku përfshihet veprimtaria e 18 fotografëve, kryesisht shkodranë.

Koleksionet përshkojnë një periudhë të gjërë historike dhe dëshmojnë, ndër të tjera, gjurmët e para të fotografisë në Shqipëri. Kësisoj, edhe teknikat e përdorura përgjatë kësaj shtrirje paraqesin një larmi të shumëllojshme: nga teknika e kolodiumit, xhelatinës me kripë argjendi në pllakat e xhamit dhe të planfilmave, te fotografia me rreze infra të kuqe dhe e filmave rul në celuloid.

Një pjesë tjetër e rëndësishme e materialeve të konservuara në arkiv janë artefaktet e ndryshme, regjistrat e autorëve, albumet dhe pajisjet teknike të përdorura në studiot private para procesit të shtetizimit.

Aktualisht fondet arkivore ruhen në një hapësirë brenda muzeut me standarte bashkëkohore që i përgjigjet procesit të konservimit dhe ruajtes së materialeve të inventarizuara.

Arkivi online përmban 51.000 fotografi në dispozicion të përdoruesve, pra rreth 10% e materialit fotografik që gjendet në arkivin e muzeut. Puna për dixhitalizimin e plotë vazhdon.